ราชอาณาจักรอัลทาโกกำลังสร้างอาณาจักรของพวกเขาใหม่รอบๆ ความสงบสุขที่เพิ่งค้นพบหลังจากหลายปีของสงครามกับกองทัพที่ไร้ความปรานีของโรมัน คู่หูผู้ผจญภัยคลาสสิก อดอลและโดกิ มาถึงท่าเรือของเมืองอัลทาโก และพบว่าตัวเองมีปัญหากับอัศวินมังกร ซึ่งเป็นหน่วยตำรวจทหารของอาณาจักร เมื่อพยายามช่วยเด็กสาวในท้องถิ่นจากการถูกคุกคามโดยหนึ่งในเจ้าหน้าที่ผู้บังคับบัญชาของพวกเขา ผู้บังคับบัญชาไม่พอใจกับการแทรกแซงและการถูกทำให้อับอาย จึงจับกุมอดอลและโดกิ โดยกล่าวหาว่าพวกเขาเป็นสายลับ.กษัตริย์ของอัลทาโก ซึ่งรู้ถึงการมาถึงของคู่หูจากเพื่อนเก่าที่ไว้ใจได้ รีบปล่อยพวกเขาจากคุกและเรียกพวกเขาไปที่ห้องของเขา เขาบอกพวกเขาเกี่ยวกับศาลเจ้าโบราณที่ถูกค้นพบหลังจากแผ่นดินไหวเมื่อเร็วๆ นี้ และขอความช่วยเหลือจากพวกเขาในการตรวจสอบการค้นพบลึกลับใหม่นี้ อดอลและโดกิตกลง โดยไม่รู้ว่าพวกเขากำลังจะก้าวแรกในเส้นทางยาวเพื่อช่วยอัลทาโกทั้งหมดจากพลังโบราณที่ถูกลืมไปนาน และเพื่อรวมชนเผ่าทั้งห้าที่แยกจากกันกลับมาซึ่งทำหน้าที่และปกป้องมังกรยิ่งใหญ่ทั้งห้า สิ่งมีชีวิตที่ถูกบูชา ซึ่งอาจเป็นความหวังสุดท้ายของโลก.Ys Seven...