ดร. เอ้กแมนกลับมาอีกครั้ง! หมอผู้ชั่วร้ายได้ทำเกินกว่าตัวเองในครั้งนี้ โดยใช้พลังของสิ่งมีชีวิตที่น่ากลัวที่รู้จักกันในชื่อ Deadly Six แต่เมื่อพวกเขาลุกขึ้นต่อต้านเจ้านายของพวกเขา โซนิคและดร. เอ้กแมนต้องวางความเป็นศัตรูไว้ข้างหนึ่งและทำงานร่วมกันใน Sonic Lost World บน Nintendo 3DS.