Command & Conquer: Red Alert 3 ถูกตั้งอยู่ในความจริงที่แตกต่างจากสงครามโลกครั้งที่สอง ซึ่งพันธมิตรตะวันตกได้ต่อสู้กับสหภาพโซเวียต ใน Red Alert 3 ผู้นำโซเวียตที่กำลังเผชิญความพ่ายแพ้ได้ย้อนเวลากลับไปฆ่าอัลเบิร์ต ไอน์สไตน์เพื่อป้องกันไม่ให้เขาช่วยเหลือพันธมิตร ทำให้โซเวียตครองโลกในปัจจุบัน อย่างไรก็ตาม ผลที่ไม่คาดคิดคือการเกิดขึ้นของอำนาจโลกที่สาม จักรวรรดิแห่งดวงอาทิตย์อุทัย และทั้งสามฝ่ายก็เข้าสู่สงคราม