หลังจากเหตุการณ์ในเกม Batman: Arkham Asylum (2009) ส่วนหนึ่งของเมือง Gotham ถูกเปลี่ยนให้เป็นเรือนจำ ออกแบบมาเพื่อกันพวกอาชญากรออกจากประชาชน บรูซ เวย์น ได้ประท้วงเรือนจำนี้ แต่ถูกลักพาตัวโดย ฮิวโก้ สเตรนจ์ ที่น่ารังเกียจ ทำให้เขาต้องเผชิญหน้ากับวายร้ายที่ทรงพลังที่สุดของเมืองในฐานะแบทแมน ขณะพยายามเปิดเผยแผนการของสเตรนจ์