Sea of Solitude é sobre uma jovem chamada Kay, que está sofrendo de tanta solidão que sua desesperança a transforma em um monstro. Após sua transformação, ela deriva em um pequeno barco através de uma cidade deserta e parcialmente submersa, onde encontra outros monstros e aprende mais sobre o que aconteceu com ela. O jogo é sobre descobrir como ela se tornou assim, mas também sobre explorar essas emoções em nós mesmos.