Sea of Solitude parla di una giovane donna di nome Kay, che soffre di una tale solitudine, che la sua disperazione la trasforma in un mostro. Dopo la sua trasformazione, si sposta su una piccola barca attraverso una città deserta e parzialmente sommersa, dove incontra altri mostri e impara di più su cosa le è successo. Il gioco riguarda il capire come è diventata in questo modo, ma anche l'esplorazione di quelle emozioni dentro di noi.