นอกเหนือจากการปรับปรุงกราฟิกแล้ว รุ่นนี้ของ FFIX ยังรวมถึงชุดฟีเจอร์ใหม่ ๆ ที่พบบ่อยในพอร์ตของ Final Fantasy ด้วย โดยมีชุดของความสำเร็จที่สามารถปลดล็อกได้ รวมถึง “ตัวเร่งเกม” เจ็ดตัว ซึ่งรวมถึงโหมดความเร็วสูงและความสามารถในการปิดการเผชิญหน้า